حوزه دانش جویی شریف جهت ارائه‌ی خدمات معرفتی و تربیتی، کلیه فعالیت‌های خود را در قالب سه معاونت پی‌گیری می‌نماید: تعلیم، رسانه، و پشتیبانی. مدیریت و راهبری امور معاونت‌ها توسط حجت‌الاسلام آقانوری (به‌عنوان مسئول حوزه) و با کمک آقای محمدحسین دیانی (به‌عنوان مدیر داخلی حوزه) انجام می‌شود. همچنین حجج اسلام قمی و جلالی و آقای محمدمهدی دادمان به‌عنوان اعضای هیئت‌مدیره حوزه از نظر محتوایی و در سطحی کلان بر عملکرد حوزه نظارت می‌کنند.

تعلیم
این معاونت بر اساس یک طرح جامع آموزشی -که توسط اساتید حوزه طراحی شده است- امور آموزشی را برای معرفت‌جویان مدیریت و اجرا می‌کند. فعالیت‌های محوری این معاونت شامل تنظیم تقویم آموزشی هر ترم، هماهنگی‌های هفتگی با اساتید و مدرسان، هماهنگی‌های آموزشی و اجرایی با معاونت پشتیبانی جهت برگزاری کلاس‌ها، پشتیبانی آموزشی و محتوایی از کلاس‌ها، تعامل با معرفت‌جویان و ارائه منابع آموزشی به ایشان است.

در حال حاضر آقایان ابوالفضل عبادی و عباس شاهوردی و علیرضا شهرانی با همکاری خانم‌ها قاسمی و مرسلی پیشبرد امور این معاونت را بر عهده دارند.

رسانه
به روز رسانی کانال تلگرام حوزه دانش جویی شریف و دیگر صفحات مجازی و تولید پرونده‌های محتوایی و آماده کردن گزارش‌های رسانه‌ای از فضای برنامه‌ها و کلاس‌های حوزه، از وظایف رسانه است.
اکنون آقای رضا خامه یار و سرکار خانم متولی در این بخش مشغول فعالیت هستند و البته آقای امیرحسین انصاری (که مسئول قبلی این کار بودند) به ایشان کمک‌هایی می‌رسانند. هم‌چنین مسئولیت به روز رسانی سایت، به عهده ی آقای سعید یوسفی رامندی می‌باشد.

پشتیبانی
معاونت پشتیبانی همان‌طور که از نامش پیداست متولی پشتیبانی عملیاتی از کلیه فعالیت‌ها و برنامه‌های حوزه ازجمله پشتیبانی از برگزاری کلاس‌های آموزشی و برنامه‌های تربیتی، امور مالی-اداری، نیروی انسانی و مدیریت وسایل، تجهیزات و اماکن حوزه دانش جویی شریف است.

اموری مانند ایاب و ذهاب اساتید، تأمین مکان برای برنامه‌های مختلف تعلیمی و تربیتی، پشتیبانی صوتی و تصویری کلاس‌ها، تأمین وسایل و تجهیزات مورد نیاز برنامه‌ها، تأمین و ارائه تغذیه (صبحانه و نهار و میان‌وعده‌ها) و تأمین مهد برای فرزندان معرفت‌جویان از جمله فعالیت‌های این معاونت است.

در این معاونت، آقای احمد نعیمی‌پور، مسئولیت کار را به عهده دارند و بزرگوارانی (اعم از تمام وقت یا پاره وقت) در انجام این کار به ایشان کمک می‌کنند. این افراد عبارتند از آقایان محسن رزاق نژاد و سید علی قاضی دوست و طاهر ساعدی و سرکار خانم ارضی.