حوزه دانش جویی شریف جهت ارائه خدمات معرفتی و تربیتی کلیه فعالیت‌های خود را در قالب سه معاونت پیگیری می‌نماید: معاونت تعلیم، معاونت خدمات تربیتی، و معاونت پشتیبانی. مدیریت و راهبری امور معاونت‌ها توسط حجت‌الاسلام آقانوری (به‌عنوان مسئول حوزه) و با کمک آقای محمدحسین دیانی (به‌عنوان مدیر داخلی حوزه) انجام می‌شود. همچنین حجج اسلام قمی و جلالی و آقای محمدمهدی دادمان به‌عنوان اعضای هیئت‌مدیره حوزه از نظر محتوایی و در سطحی کلان بر عملکرد حوزه نظارت می‌کنند.

معاونت تعلیم

این معاونت بر اساس یک طرح جامع آموزشی -که توسط اساتید حوزه طراحی شده است- امور آموزشی را برای معرفت‌جویان مدیریت و اجرا می‌کند. فعالیت‌های محوری این معاونت شامل تنظیم تقویم آموزشی هر ترم، هماهنگی‌های هفتگی با اساتید و مدرسان، هماهنگی‌های آموزشی و اجرایی با معاونت پشتیبانی جهت برگزاری کلاس‌ها، پشتیبانی آموزشی و محتوایی از کلاس‌ها، تعامل با معرفت‌جویان و ارائه منابع آموزشی به ایشان است.

در حال حاضر آقایان محمدحسین دیانی (مسئول معاونت)، ابوالفضل عبادی، محمد هادی شیری و سعید یوسفی رامندی با همکاری خانم‌ها خدری و مرسلی پیشبرد امور این معاونت را بر عهده دارند.

معاونت خدمات تربیتی

این معاونت مسئولیت برگزاری و راهبری کلاس اخلاق و ارائه خدمات مشاوره را بر عهده دارد. علاوه بر دو فعالیت مذکور، سایر پشتیبانی‌های تربیتی که بر اساس نیازهای احصا شده از معرفت‌جویان و اقتضائات ایشان طراحی می‌شوند، جزو وظایف این معاونت است. در این معاونت آقایان هادی قدیمی (مسئول معاونت)، طه شوکتیان (مسئول کلاس اخلاق) و علیرضا شهرانی (مسئول مشاوره بخش آقایان) و خانم ملکیان (مسئول مشاوره بخش خانم‌ها) مشغول به فعالیت هستند.

معاونت پشتیبانی

معاونت پشتیبانی همان‌طور که از نامش پیداست متولی پشتیبانی عملیاتی از کلیه فعالیت‌ها و برنامه‌های حوزه ازجمله پشتیبانی از برگزاری کلاس‌های آموزشی و برنامه‌های تربیتی، امور مالی-اداری، نیروی انسانی و مدیریت وسایل، تجهیزات و اماکن حوزه دانش جویی شریف است.

اموری مانند ایاب و ذهاب اساتید، تأمین مکان برای برنامه‌های مختلف تعلیمی و تربیتی، پشتیبانی صوتی و تصویری کلاس‌ها، تأمین وسایل و تجهیزات مورد نیاز برنامه‌ها، تأمین و ارائه تغذیه (صبحانه و نهار و میان‌وعده‌ها) و تأمین مهد برای فرزندان معرفت‌جویان از جمله فعالیت‌های این معاونت است.

در این معاونت، آقایان احمد نعیمی‌پور (مسئول معاونت)،مهدی آرازی و مهدی هاشمی و خانم‌ها قاسمی و هوشمند مشغول به انجام وظیفه هستند.